Godine 2011. Sabor je izglasao izmjene Zakona o vodama, u kojem stoji da su vodne građevine za proizvodnju električne energije u koje je investirao HEP, u vlasništvu države, a dane su na upravljanje Hrvatskim vodama. Dakle, Hrvatska elektroprivreda je korisnik tih vodnih građevina, ali ne i vlasnik. To poprilično komplicira potencijalnu privatizaciju HEP-a, koji zapravo nije vlasnik svojih hidroelektrana i prateće opreme, kao što su brane, akumulacije, dovodni i odvodni kanali, tuneli i druge građevine te oprema. Konkretno, država se već upisala kao vlasnik nekih hidroenergetskih objekata. Naime, u članku 23. spomenutog zakona stoji "Vodne građevine za proizvodnju električne energije investitor kojih je Republika Hrvatska ili pravna osoba kojoj je RH većinski udjeličar, dioničar ili osnivač s većinskim pravom odlučivanja, uključivo i prostor akumulacije izgrađen oko javnoga vodnoga dobra u vlasništvu su Republike Hrvatske. Građevina iz ovoga stavka jedinstvena je građevina". 
Nezadovoljan takvim rješenjem, HEP je 2013. podnio Ustavnom sudu zahtjev za ocjenu ustavnosti Zakona o vodama, naglasivši da država, neovisno o tome što je većinski dioničar HEP-a, ne može upravljati imovinom te tvrtke kao sa svojom vlastitom imovinom, niti se državi može zakonom deklarirati status vlasnika nekretnina trgovačkog društva, jer je to protivno Zakonu o trgovačkim društvima. To je, stoji u prijedlogu, protivno i Ustavu kojim se jamči pravo vlasništva, a prava stečena ulaganjem kapitala ne mogu se umanjiti zakonom ni drugim pravnim aktima. Ističe se da je moguće u interesu RH ograničiti ili oduzeti vlasništvo, uz naknadu tržišne vrijednosti, što država u ovom slučaju nije učinila, odnosno nije obeštetila HEP za oduzetu vrijednost. U zahtjevu za ocjenu ustavnosti koji je HEP podnio, također se postavlja pitanje umanjenja imovine HEP-a, kojem se postojeći hidroenergetski objekti nalaze u temeljnom kapitalu, zatim pitanje upravljanja, održavanja i sigurnosti postojećih objekata, kao i pitanje osnovanosti daljnjih investicija u objekte koji postaju vlasništvo države. "Naravno da će navedeno (umanjenje imovine HEP-a) imati i daljnje posljedice na kreditnu sposobnost HEP-a, a time i na mogućnost stjecaja sredstava za danje investicije u hidroenergetsku mrežu RH", stoji u zahtjevu za ocjenu ustavnosti zakona, koji je na zahtjev HEP-a Ustavnom sudu podnijelo odvjetničko društvo Andreis i partneri. 
Prijedlog za ocjenu ustavnosti naknadno je iste godine dopunjen, jer se ubrzo u nekoliko zemljišno-knjižnih postupaka HEP nije mogao uknjižiti kao vlasnik.  Naime, 2012. Općinski sud u Gospiću riješio je da se HEP ne može uknjižiti kao vlasnik velikog broja čestica u općini Sveti Rok i Ričica (akumulacija Opsenica u sklopu RHE Velebit), koje koristi Elektroprivreda Dalmacije, već se, na prijedlog vodnogospodarskog odjela za slivove Sjevernog Jadrana Hrvatskih voda, kao njihovog vlasnika nalaže knjižiti državu. Zemljište se presudom smatra javnim dobrom u općoj uporabi s pravom upravljanja Hrvatskih voda a treba biti uknjiženo kao vlasništvo RH, stoji u presudi u kojoj se nalaže provedba upisa. HEP se na presude Općinskog suda u Gospiću žalio ali žalbe su tada odbijene. Je li se u međuvremenu država upisala na još neku imovinu HEP-a, nije nam poznato, iako se spekulira o nekoliko objekata na Dravi. 
Na naš u upit iz Hrvatskih voda nam je odgovoreno da se izmjene Zakona o vodama ne odnose na postupak rješavanja imovinsko pravnih odnosa. "Hrvatske vode u periodu od 2011. do danas nisu provodile postupak rješavanja imovinsko pravnih odnosa nad hidroenergetskim vodnim građevinama“, rekli su u toj tvrtki. Iz HEP-a je došao sličan odgovor. "Hrvatske vode nisu se uknjižile ni na jednom proizvodnom objektu HEP-a kao vlasnici niti im je to pravo dano važećim Zakonom o vodama. S obzirom na to da je HEP u intenzivnoj komunikaciji s nadležnim državnim tijelima u vezi s rješavanjem pitanja vlasništva HEP-a nad hidroelektranama u smislu odredbi Zakona o vodama, nismo u mogućnosti iznositi detaljnije informacije", kažu u HEP-u. 
Dakle, problem HEP-ovog vlasništva nad hidroelektranama aktualiziran je nakon početka priče o privatizaciji 25-1% dionica te tvrtke i očigledno se razmatra što se s tim može učiniti, jer to potencijalno može znatno umanjiti vrijednost tvrtke. Pravnik s kojim smo o tome razgovarali kazao je da država može ići na hitne izmjene Zakona o vodama i HEP-u vratiti vlasništvo, ili Ustavni sud može donijeti odluku da su sporne odredbe zakona neustavne. Njegov zaključak je da je 2011., kada je taj zakon i mijenjan, napravljen veliki propust jer je država, primjerice, mogla zadržati vlasništvo nad akumulacijama pa i nasipima, ali ne i branama i uređajima, jer HEP ima nekoliko pribranskih hidroelektrana, u kojima je u brani strojarnica. Ovako proizlazi da je HEP praktički koncesionar na imovini u koju je ulagao, korisnik hidroenergetskog potencijala, za koji je istim tim zakonom oslobođen plaćanja koncesije, što znači da je doveden u povlašteni položaj, što je problematično s aspekta tržišnog natjecanja. Iako je pravno situacija već godinama čista, HEP nije smanjivao vrijednost temeljnog kapitala za izgubljenu vrijednost u hidroenergetskim objektima. Iako, u međuvremenu je 2015. otpisao gotovo 2,4 milijarde vrijedne termoelektrane, u sklopu priprema za privatizaciju koju je forsirao bivši ministar gospodarstva Ivan Vrdoljak. Tada se od "predizbornog IPO-a" odustalo, a javnost nikad nije dobila jasan odgovor zašto, osim da ga nije bilo moguće provesti u zamišljenom kratkom roku.