U primjedbama na Studiju prihvatljivosti zahvata HE Ombla na ekološku mrežu, za koju danas istječe javna rasprava, hrvatski biospeleolozi ocjenjuju da taj dokument nastoji umanjiti i diskreditirati vrijednost špiljskog sustava zbog kojih je proglašena ekološka mreža. Izrada i korištenje HE Omble može imati samo negativne učinke na tamošnju podzemnu faunu, a mjere ublažavanja neće moći umanjiti negativne učinke projekta na prihvatljivu razinu, kaže se u primjedbama koje su biospeleolozi uputili na Studiju. Studija po njihovom mišljenju relativizira do sada znanstveno utvrđene činjenice, te se temelji na brojnim nelogičnostima, špekulacijama i nedokazanim tvrdnjama, ističu biospeleolozi i upozoravaju da je Ombla neistražen špiljski sustav. Fauna Omble istraživana je svega tri mjeseca premda bi trebala biti najmanje godinu dana, ne postoji potpuni nacrt špilje i njezinih kanala, a speleoroniocima nikada nije omogućeno da dublje zarone kako bi prikupljali životinjske vrste, kažu biospeleolozi i ocjenjuju to „izrazito velikim propustom“. 
Zelena akcija ističe da su tvrtke Oikon i Geonatura, kao izrađivači Studije, uložili silan napor u biospeleološka istraživanja špiljskih sustava Dubrovačko neretvanske županije kako bi pokušali dokazati da špiljski sustav izvor Omble-Vilina špilja nije izolirano žarište bioraznolikosti i kako se uništenje ovog lokaliteta može prihvatiti jer isto ne bi ugrozilo bioraznolikost šireg područja Županije. Nakon 2013. izrađivači studije uopće nisu vršili istraživanja špiljskog sustava Izvor Omble – Vilina špilja pod pretpostavkom da je ovaj špiljski sustav dostatno istražen. "Kako je zadaća izrađivača studije bila da procjene utjecaj potencijalne izgradnje hidro elektrane Ombla na ekološku mrežu, smatramo da je je ovakav nevjerojatan postupak primjer loše prakse u procjeni utjecaja na prirodu na europskom nivou. Na taj način drže da se manipulira podacima i ignorira činjenicu da su istraživanja špiljskog sustava Izvor Omble – Vilina Špilja provedena do 2013 godine pokazala vrlo veliku bioraznolikost u špiljskom sustavu, da istraživanja nisu bila provedena sustavno, tijekom cijele ili više godina i da 2012. godine istraživačima nije bio dopušten ulaz u glavni kanal, što znači da područje na kojem bi bio najveći utjecaj HE nije dovoljno istražen, što je napomenuto i u tekstu ove Studije. Nadalje, Studija zaključuje da je izgradnja HE Ombla prihvatljiva za ekološku mrežu NATURA 2000. Na taj, pogrešan i tendenciozan zaključak, izrađivač studije nas navodi kršeći pravila struke i manipulacijom podataka. Ovakav je postupak apsolutno neprihvatljiv i krši europsko zakonodavstvo zaštite prirode, odnosno, nije u skladu s Direktivom o staništima Europske unije. Stoga, ukoliko Ministarstvo zaštite okoliša ne odbaci ovaj manipulativan zaključak studije o prihvatljivosti, svakako treba pokrenuti mehanizme Europske unije koji se provode prilikom kršenja europskog zakonodavstva. Treba napomenuti i da u stručnom mišljenju Državni zavod za zaštitu prirode navodi da: “nije moguće isključiti značajne negativne učinke zahvata za ciljeve očuvanja i cjelovitost područja ekološke mreže te smatraju da je predmetni zahvat (projekt HE Ombla) potrebno odbiti”. Osim značajnog utjecaja na ekološku mrežu, projekt HE Ombla je problematičan i u cijelom nizu drugih aspekata, od utjecaja na prirodu (izvan ciljeva očuvanja europske ekološke mreže), visokorizičnost zahvata u osjetljivom krškom i trusnom području, mogućeg utjecaja na izvor pitke vode za grad Dubrovnik te upitnu isplativost izgradnje hidreletrane uz moguće skrivene troškove u izgradnji i kasnijih šteta", kaže Zelena akcija.