Državni zavod za zaštitu prirode (DZZP) usprotivio se Hidroelektrani Ombla jer smatra da su njezinom izgradnjom mogući značajni negativni utjecaji na ciljeve očuvanja ekološke mreže i njezinu cjelovitost. Kako prenosi SEEbiz, u mišljenju koje je DZZP uputio 20. travnja Ministarstvu zaštite okoliša i prirode, a koji je ovih dana došao u posjed medija, ističe se da su negativni utjecaji mogući na sve istaknute elemente zaštite: populacije šišmiša, stanišne tipove "špilje i jame zatvorene za javnost" i na ribljeg endema popovsku gaovicu. Studija nije adekvatno sagledala utjecaj na šišmiše, a trenutno predložene mjere nisu dovoljno specifične te se negativni utjecaji koji nastaju degradacijom podzemnog staništa - izmjenom mikroklimatskih uvjeta zbog iskopavanja kanala i izgradnje injekcijske zavjese, te zbog potapanje staništa - ne mogu značajno umanjiti, kaže se u mišljenju. DZZP također smatra da će stanišni tip "špilje i jame zatvorene za javnost", potapanjem i negativnim promjenama na vodenim špiljskim staništima, doživjeti trajne promjene, fragmentaciju i smanjenje staništa, čime će se narušiti cjelovitost ekološke mreže. Izvođači studije nisu sagledali kumulativni negativni učinak na populaciju ribljeg endema popovske gaovice, a učinkovitost mjera zaštite je upitna, kaže se. Inače, kako podsjeća SEEbiz, u tijeku je javna rasprava o Postupku glavne ocjene prihvatljivosti za ekološku mrežu za zahvat HE Ombla čije je javno predstavljanje održano u Dubrovniku 21. travnja ponovo našilo na snažno protivljenja javnosti, kao i ranije studije.
U javnoj raspravi je postavljeno i pitanje valjanosti Studije utjecaja na okoliš koja je prihvaćena 1999. i postala pravomoćan dokument, premda je u njoj utvrđeno niz bitnih netočnih i falsificiranih činjenice, osobito da u Ombli nema ugroženih i zaštićenih životinjskih vrsta. Nakon što je Europska banka za obnovu i razvoj 2013. otkazala kredit za financiranje HE Omble, HEP je bio prisiljen izraditi studiju biodiverziteta Omble, koja je pokazala da se radi o jednom od najbogatijih područja po podzemnom biodiverzitetu u Hrvatskoj i u svijetu, zbog čega je u javnosti nazvana "Podzemni Galapagos". Ulaskom Hrvatske u EU stupila je na snagu Ekološka mreža Natura 2000. pa je HEP bio prisiljen izraditi i studiju koja će utvrditi moguće utjecaja HE Ombla na Ekološku mrežu, na koju je DZZP izrazio negativno mišljenje, prenosi SEEbiz.