Ulaskom Hrvatske u Europsku uniju i priključenjem na Europski sustav trgovanja emisijskim jedinicama EU-ETS, HEP će imati obvezu kupovanja emisijske kvote za svaku emitiranu tonu CO2. Godišnji HEP-ov izdatak za kupovinu emisijskih kvota, ovisno o količini emisija i cijeni CO2 na tržištu, procjenjuje se na 50 do 75 milijuna eura, stoji u priopćenju HEP-a.  Ovaj iznos može biti smanjen za približno 20%, odnosno za emisije CO2 koje se ispuštaju pri proizvodnji toplinske energije, ukoliko se prihvate zahtjevi termoenergetskih postrojenja HEP Proizvodnje. koja proizvode toplinsku energiju (TE-TO Zagreb, EL-TO Zagreb, TE Sisak i TE-TO Osijek). Zahtjevi za dobivanje besplatnih jedinica CO2 predani su Ministarstvu zaštite okoliša i prirode, 2. svibnja 2012. Uštede za HEP zbog dobivanja besplatnih emisijskih jedinica iznosit će između 10 i 15 milijuna eura za 2013. godinu. Svake sljedeće godine, iznos uštede će se smanjivati za 10 posto, sve do 2020. kada će HEP morati kupovati emisijske jedinice za pokrivanje emisije CO2 za potrošnju kako električne, tako i toplinske energije. U HEP-u napominju da treće razdoblje trgovanja emisijskim kvotama počinje 2013. i traje do 2020. godine. HEP će, počevši od 1. siječnja 2013., do 30. travnja svake tekuće godine morati kupovati ukupni iznos kvota za pokrivanje emisija CO2 za proizvodnju električne energije za prethodnu godinu. Za svaku tonu CO2 koja je emitirana, a za nju nije kupljena emisijska jedinica, plaća se kazna od 100 eura po toni i obveza kupnje onoliko emisijskih jedinica koliko nedostaje za pokrivanje ukupne ispuštene količine CO2.