Za ostvarene gubitke u poslovanju tijekom 2005. godine, Elektroprivreda BiH okrivljuje i nepovoljne ugovore s HEP-om o isporuci struje kojima je, navodno, zbog nepovoljne razlike cijene u 2005. izgubljeno više od 35 mil. eura. Zbog toga čelnici Elektroprivrede godinama zahtijevaju jednostrani prekid ugovora s HEP-om koji bi trebao važiti do travnja 2009. godine i za koji se smatra da će uzrokovati gubitke od 240 mil. eura. Istodobno se zbog obilnih dotoka vode u akumulacijska jezera na branama se otvraraju zaklopke, posebice na HE na Neretvi. Time se ostvaruju dnevni gubici 170 000 - 200 000 eura. Uz to, stručnjaci upozoravaju kako gubici Elektroprivrede BiH od 2001. godine zbog neekonomskog poslovanja iznose više od 200 mil. eura.