Među najkontroverznijim projektima su HE Dabar (dio projekta Gornji horizonti) i Dubrovnik II. Udruge ističu da je izgradnja novih hidroelektrana u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini vrlo složen prekogranični projekt koji prikuplja vodu iz sliva Neretve i Trebišnjice te ih preusmjerava na obalu, zaobilazeći područja koja obično dobiju te vode preko podzemnih veza. Ako budu realizirani u trenutnom obliku, ovi projekti će povećati zaslanjivanje na području delte Neretve i ugroziti poljoprivrednu proizvodnju u regiji, te izazvati presušivanje Parka prirode Hutovo Blato, močvare zaštićene Ramsarskom konvencijom i jednog od najvećih staništa ptica selica na Balkanu. Spornim drže i TE na lignit Kolubara B u Srbiji, Vjetropark Dajc - Velipojë u Albaniji, hidroenergetski sustav na Drini, BiH/Srbija/Crna Gora i dalekovod Pljevlja - Lastva između Crne Gore i Italije.
„Duboko smo zabrinuti zbog nekoliko hidroenergetskih projekata u BiH i Hrvatskoj koji su dobili potporu Energetske zajednice i EU. Ovi će projekti imati značajne okolišne i društvene utjecaje, stoga će WWF apelirati na nadležne domaće i europske institucije da ponovno pregledaju popis i eliminiraju projekte koji nisu u skladu s EU direktivama“, rekao je Zoran Mateljak iz WWF-a.
Razvoj i implementacija odabranih projekata Energetske zajednice bit će prioritet tijekom narednih godina, a financirani bi trebali biti od strane EBRD-a i EIB-a. Problematično je da su neki od projekata usmjereni isključivo na izvoz električne energije umjesto zadovoljavanja domaćih potreba, dok će drugi produžiti ovisnost regije o ugljenu. Nevladine organizacije pozivaju EU i specifično povjerenika Oettingera da pitanja okoliša i zdravlja ljudi uzmu ozbiljno u odlukama oko razvoja energetske infrastrukture u regiji. „Predstavnici Energetske zajednice izjavili su da će projekti koji ne ispunjavaju standarde EU biti izbrisani s popisa prioritetnih projekata. Držat ćemo za riječ povjerenika Oettingera i predsjednika Barrosa da se to obećanje i ostvari“, zaključuju udruge.
