Ulaskom Hrvatske u projekt tranzitni pravac Južnog toka bio bi znatno kraći, čime bi se cijena gradnje smanjila. Prema usuglašenom tehničkom planu između Plinacra i Gazproma, kroz Hrvatsku bi se gradio potpuno novi plinovod u dužini od 270 kilometara, a vrijednost investicije je 600 milijuna eura. Za njegove se potrebe ne bi koristio postojeći plinovodni sustav jer su profili cijevi koje se sada koriste premalog obujma. Prema najavama, tim tranzitnim plinovodom kroz Hrvatsku bi godišnje moglo prolaziti 30 milijardi m3 plina.
Najveći dio novog plinovoda protezao bi se u koridoru već postojećih plinovoda koji prolaze od istoka do zapada zemlje koji bi samo trebalo proširiti, a samo na nekim kraćim dijelovima utvrdio bi se novi koridor. Tranzitni plinovod Južni tok u Hrvatsku bi ušao iz Srbije kod Sotina i preko Vukovara bi bio usmjeren prema Osijeku. Upravo na tom dijelu ne postoje plinovodi i tu bi se izgradio novi koridor. Trasa bi išla dalje u već postojećem plinovodnom koridoru prema Donjem Miholjcu, Virovitici, Novigradu Podravskom, Donjem Vidovcu do Murskog Središća, gdje bi plinovod ušao u Sloveniju. U Donjem Miholjcu napravio bi se priključak na postojeći plinovod koji vodi prema Slobodnici, čime bi se omogućila nabava plina iz Južnog toka za domaće kupce. Gradnja bi prema planu trebala početi 2015. i trajala bi godinu dana.
Do početka gradnje trebala bi se riješiti potrebna dokumentacija, što uključuje i osnivanje tvrtke Južni tok - Hrvatska, koja bi bila investitor i upravljač. Vlasnički odnos u omjeru 50:50 dijelili bi Plinacro i Gazprom, a Gazprom bi bio taj koji bi zakupio kapacitete plinovoda.
Akti o osnivanju zajedničke kompanije su u završnoj fazi. Ta tvrtka bi investirala 600 milijuna eura u izgradnju , a svaki suvlasnik bi investirao 300 milijuna eura. Procjena je da bi Plinacro mogao investirati 100 milijuna eura u gotovini, a 200 milijuna eura bi se osiguralo kreditima. S obzirom na to da bi Gazprom zakupio kapacitete plinovoda, problema s dobivanjem kredita ne bi trebalo biti. Financijski bi se projekt trebao isplatiti u 15 godina, a svaka sljedeća godina bila bi čista zarada. U slučaju tranzitnog pravca, Hrvatska je ta koja bi naplaćivala transport plina. Prema analizama, Plinacro bi od naplate transporta plina godišnje uprihodio 8% ukupne investicije, odnosno oko 24 milijuna eura.
Alternativni projekt tranzitnom pravcu je dobavni pravac Južnog toka. Njime bi Hrvatska dobila samo još jedan dobavni pravac, ali ne bi bilo zarade od tranzita. U tom bi slučaju plinovod u također ušao kod Sotina i dalje bi prolazio trasom postojećeg Janafova naftovoda.
