JANAF je povodom medijskih napisa navodnom ulasku ruskih vlasnika Rafinerije Bosanski Brod u njegovu vlasničku strukturu na temelju ugovora sklopljenog s Republikom Srpskom priopćio da nije predmet sukcesije između Hrvatske i RS-a. Pri tome se ističe da JANAF 'nije u mogućnosti komentirati „činjenice“ iz Ugovora između Republike Srpske i ruskih vlasnika Rafinerije Bosanski Brod, s obzirom da nije upoznat sa sadržajem spomenutog Ugovora.' Isto tako, ističe se da tvrtka 'nije predmet sukcesije između Republike Hrvatske i Republike Srpske' i da je njezina vlasnička struktura 'vrlo jasna' (dioničko društvo u mješovitom vlasništvu s većinskim državnim kapitalom). Uz to, ističe se da 'nije poznato temeljem kojih relevantnih činjenica Republika Srpska polaže pravo na udio u JANAF-u.' U priopćenju se nastavlja: 'Činjenica je da su INA Zagreb, Energopetrol Sarajevo i Naftagas Novi Sad, odnosno njihove rafinerije u Sisku, Lendavi, Bosanskom Brodu, Novom Sadu i Pančevu, osnovale 1974. godine poduzeće, koje se tada zvalo Jugoslavenski naftovod - poduzeće za transport nafte u osnivanju, sa sjedištem u Rijeci. Također, činjenica je da su ciljevi izgradnje naftovoda i osnivanja poduzeća bili prvenstveno sigurniji, ekonomičniji i redovitiji transport nafte u odnosu na druge mogućnosti transporta (prijevoz auto-cisternama i željezničkim cisternama), a ne stjecanje vlasničkih i upravljačkih prava. Jugoslavenski naftovod je od početka svog osnivanja bio investitor izgradnje naftovoda, a ne njegovi osnivači. Osnivači su osigurali (uložili) simbolična sredstva uz obvezu JANAF-a da im ta sredstva vrati u roku od 25 godina. JANAF je do 1991. godine ova sredstva osnivačima vratio. Sva ostala sredstva za gradnju cjelokupnog naftovoda osigurao je JANAF, domaćim i inozemnim kreditima, te je sve kredite vratio ili dalje vraća. Benefit od osnivanja osnivači su konzumirali kroz dugoročne povoljne ugovore o transportu nafte.' Konačno, naglašava se da je jedino neriješeno pitanje JANAF-ova nekretnina Terminal Bosanski Brod na teritoriju RS-a u Bosni i Hercegovini za koji je JANAF Osnovnom sudu u Derventi 2007. godine podnio zahtjev za promjenu naziva tvrtke s JUNA-e na JANAF kao pravnog sljednika i taj je postupak u tijeku.