Za projekte iz područja gospodarenja otpadom u sklopu Operativnog programa Konkurentnost i kohezija Ministarstvo ima na raspolaganju 3,6 milijardi kuna. U listopadu 2016. odobreno je 266,6 milijuna kuna za projekt izgradnje centra za gospodarenje otpadom Biljane Donje u Zadarskoj županiji, a u veljači 2017. odobreno je 111,6 milijuna kuna za projekt izgradnje CGO Bikarac faza II u Šibensko-kninskoj županiji. Krajem ožujka 2017. je objavljen javni poziv za građenje i opremanje reciklažnih dvorišta, na koji se mogu prijaviti jedinice lokalne samouprave. Osigurana EU sredstva za izgradnju reciklažnih dvorišta iznose 144,5 milijuna kuna. Do kraja ovog mjeseca će biti objavljen javni poziv i za sanaciju odlagališta neopasnog otpada, za koji je osigurano 80 milijuna kuna. U tijeku je i priprema poziva za sufinanciranje izgradnje sortirnica, kompostišta, nabave ostale komunalne opreme.Što se tiče sektora voda, do sada su potpisani Ugovor o dodjeli bespovratnih sredstava za projekte Petrinja ukupne vrijednosti 430 milijuna kuna te Rovinj, ukupne vrijednosti 280 milijuna kuna. U visokom stupnju pripreme je 30-tak projekata koji će biti odobreni ove godine.
"Smatramo da nema razloga da RH izgubi alocirana sredstva s obzirom na sve aktivnosti koje provodimo. MRRFEU ima mogućnost oduzimanja funkcije PT1 ministarstvu, no to nije opravdano, a postavlja se i pitanje tko bi u ovom trenutku mogao preuzeti ta sredstva i apsorbirati ih. Također, to bi značilo da bi MRRFEU bio imenovan PT1 a za što MRRFEU u ovom trenutku nema dovoljno kapaciteta. To bi ujedno značilo urušavanje cijelog sustava koji je uspostavljan u svim ministarstvima u sustavu ESI fondova u posljednjih tri godine. Rezultat bi bio izgubljeno vrijeme a što bi imalo krajnje negativne i ozbiljne posljedice na sveukupnu apsorpciju sredstava iz OPKK. U cilju bolje apsorpcije EU sredstava produktivnije bi bilo da MRRFEU pojednostavi procedure dodjele bespovratnih sredstava koje se u praksi pokazuju dugotrajne i komplicirane", kažu u ministarstvu.
