Na temelju članka 39. Zakona o Obalnoj straži Republike Hrvatske (NN 109/2007), Ministarstvo obrane je, uz suglasnost Ministarstva zaštite okoliša, prostornog uređenja i graditeljstva, donijelo Pravilnik o suradnji Obalne straže s tijelima nadležnima za zaštitu okoliša (NN 105/2009). Njime se propisuje način suradnje Obalne straže i tijela nadležnih za zaštitu morskog okoliša, a u smislu Pravilnika to su MZOPUG i Agencija za zaštitu okoliša. S njima u suradnji i na njihov zahtjev Obalna straža kontrolira i nadzire: prekogranični promet otpadom, rad platformi za istraživanje i eksploataciju ugljikovodika te stanje i rad ribogojilišta s naglaskom na uzgajališta tune u skladu s procjenama utjecaja zahvata na okoliš. Pravilnik stupa na snagu osmoga dana od objave u 'Narodnim novinama'.