Ne treba čuditi da Janaf tako dobro posluje, jer ako se pažljivo iščita izvješće, iz kojeg proizlazi da HANDA plaća skladištenje državnih zaliha 100% više nego drugi korisnici. U ugovoru koji je između tih dviju strana sklopljen prije gradnje spremnika ogromnih kapaciteta na Omišlju i u Sisku, ugovorena je cijena skladištenja od pet eura po m3. To je dvostruko više nego što je plaćano Janafu ranije i drugim vlasnicima spremnika, zbog čega je Upravno vijeće 2014. i 2015. tražilo reviziju ugovora s Janafom na 2,5 eura/m3. Janaf je to odbio pozvavši se na predugovor i Studiju isplativosti izgradnje spremnika na Žitnjaku koja su prihvaćena na NO Janafa u kojem su bila i dva člana HANDA-e. HANDA je Janafu za najam spremnika 2015. platila 178 milijuna kuna s PDV-om. Istovremeno, HANDA skladištenje u spremnicima drugog vlasnika u Hrvatskoj plaća 2,5 eura/m3, a u Njemačkoj 1,9 eura/m3. Zato revizija misli da bi se HANDA trebala angažirati odlučnije oko gradnje spremnika na lokaciji Brižine, a moguće je za to koristiti EU sredstva. To pak ide vrlo sporo jer treba riješiti pitanje zemljišta.
U izvješću se ističe da je HANDA imala arbitražni spor s Janafom oko kašnjenja u izgradnji spremnika na Žitnjaku i Omišlju, koje je Janaf trebao izgraditi do kraja 2012., ali je kasnio godinu, odnosno dvije godine zbog ishođenja dozvola. HANDA je tražila od Janafa odštetu od tri milijuna eura temeljem ugovora koji su imali sklopljen za svaki dan kašnjenja. Ali, agencija je na arbitraži u HGK izgubila spor jer prilikom primopredaje spremnika nije priopćila Janafu da zadržava pravo na ugovornu kaznu, niti je to učinila kasnije te je tako izgubila pravo na naknadu ugovorne kazne. Taj spor agenciju je zbog odvjetničkih usluga koštao čak 1,8 milijuna kuna, a revizija je prigovorila na neracionalno postupanje u sporu pred HGK, jer Agenciju je moglo zastupati državno odvjetništvo.
Također, navodi se neracionalna prodaja dizelskog goriva u ožujku 2014., kada je gorivo nepotrebno prodavano po znatno manjoj cijeni od one po kojoj je kupljeno. Zanavljanje zaliha rađeno je bez prethodnih kontrola i izvješća o potrebama zanavljanja od strane ovlaštene kuće. Agencija inače ima sedam zaposlenih koji rade u prostoru od 428 m2, dok bi prema mjerilima za državnu upravu i korisnike proračuna svakome za rad trebalo biti dovoljno 15 m2.
